Das IMT verfügt über ein 300 m² großes Reinraumlabor der Klasse 5, in dem nicht nur die technischen Mitarbeiter*innen tätig sind, sondern auch alle Doktoranden und Studierenden, die am IMT eine studentische Arbeit machen oder einen HiWi-Job haben. Jeder erhält eine entsprechende Einweisung und Ausbildung an den Prozessanlagen, um selbstständig Versuche durchzuführen und Mikrosysteme herzustellen.
Die vorhandenen Prozessanlagen entsprechen höchsten Anforderungen hinsichtlich des aktuellen Stands der Technik und einer sehr hohen Flexibilität. Sie werden regelmäßig durch Neuanschaffungen ergänzt, die das Fertigungsportfolio des IMT erweitern. Das aktuellste Beispiel ist eine Femtosekunden-Laseranlage, mit der völlig neue Wege der Mikrostrukturierung und –fertigung möglich sind.