Das IMT verfügt über diverse unterschiedliche Mikroskope, die über die Labore verteilt sind. In der folgenden Liste finden sich einige nach Bauart sortierte Beispiele.
Aufrechte Mikroskope
Inverse Forschungsmikroskope
Laser Scanning Mikroskope
Rasterelektronenmikroskope (REM)
Rasterkraftmikroskop (AFM)
Stereo-Zoom Mikroskope