Nancy Choudhary

Nancy Choudhary

Nancy Choudhary

Forschungsübersicht

Ich arbeite daran, die biochemischen Wege der Withanolid-Biosynthese in Nachtschattenpflanzen aufzuklären. Anschließend interessiere ich mich besonders für die Untersuchung der Evolution der Gene der Withanolid-Biosynthese und ihrer strukturellen Diversifizierung. Hierfür verwende ich Long-Read-Sequenzierung, um Genomsequenzen zu generieren. Methoden wie BLAST, Syntenieanalyse, Co-Expressionsanalyse und phylogenetische Analyse werden verwendet, um Genkandidaten zu identifizieren. Die "Datenwiederverwendung" unter Verwendung öffentlich verfügbarer genomischer und transkriptomischer Sequenzen sowie das "öffentliche Teilen" sind wichtige Bestandteile meiner Arbeitsprinzipien.

 

Qualifikationen

  • 2023-heute: Doktorand, TU Braunschweig
  • 2021-2023: M.Tech in Biotechnologie, IIT Mandi, Indien
  • 2017-2021: B.Tech in Biotechnologie, Kurukshetra University, Indien

     

Veröffentlichungen

  • Karbstein K., Choudhary N., Xie T., Tomasello S., Wagner N. D., Barke B. H., Paetzold C., Bradican J. P., Preick M., Himmelbach A., Stein N., Papantonis A., Irisarri I., De Vries J., Pucker B., & Hörandl E. (2024). Efficient assembly of plant genomes: A case study with evolutionary implications in Ranunculus (Ranunculaceae). bioRxiv . doi: doi.org/10.1101/2023.08.08.552429
  • Recinos M. F. M., Winnier S., Lagerhausen K., Ajayi B., Wolff K., Friedhoff R., Dassow C. M., Choudhary N., & Pucker B. (2024). Cacao genome sequence reveals insights into the flavonoid biosynthesis. bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory). doi: doi.org/10.1101/2024.11.23.62498
  • Hakim S.E.*, Choudhary N.*, Malhotra K.*, Peng J.*, Arafa A., Bültemeier A., Friedhoff R., Bauer M., Witte C.-P., Herde M., Heretsch P., Pucker B., Franke J. (2024). Phylogenomics and metabolic engineering reveal a conserved gene cluster in Solanaceae plants for withanolide biosynthesis. bioRxiv 2024.09.27.614867; doi: 10.1101/2024.09.27.614867.

  • Choudhary N, Pucker B (2024) Conserved amino acid residues and gene expression patterns associated with the substrate preferences of the competing enzymes FLS and DFR. PLOS ONE 19(8): e0305837. doi: 10.1371/journal.pone.0305837.

  • Rempel A., Choudhary N. and Pucker B. (2023). KIPEs3: Automatic annotation of biosynthesis pathways. PLOS ONE 18(11): e0294342. doi: 10.1371/journal.pone.0294342.
     

Stipendien und Auszeichnungen

  • DAAD-Kospie-Stipendium
  • HTRA-Stipendium

Konferenzen, Workshops und Seminare besucht

  • Teilnahme an der Molecular Biology of Plants (MBP 2024) Konferenz in Hennef, Deutschland, vom 4. bis 7. März 2024. Präsentation meiner Masterarbeit in Form eines Posters.
Nancy presenting at MBP2024
NC
  • Teilnahme an der Botanik-Tagung: Internationale Konferenz der Deutschen Botanischen Gesellschaft 2024 in Halle vom 15. bis 19. September 2024. Präsentation der Entdeckung eines biosynthetischen Genclusters für die Withanolid-Biosynthese durch ein Poster.