Pharmaverfahrenstechnik beruht auf der engen, vertrauensvollen Zusammenarbeit von Lebens- und Ingenieurwissenschaften sowie Mikrotechnologen. Im PVZ arbeiten insgesamt vier Abteilungen und zwei Querschnittsarbeitsgruppen, die das Forschungskonzept des PVZ repräsentieren - von pharmazeutischen Wirkstoffen (API) bis hin zu wirksamen und maßgeschneiderten Medikamenten - in mehreren gemeinsamen Projekten eng zusammen.
Die Basis dieser Zusammenarbeit bilden 29 Mitglieder der Technischen Universität Braunschweig, der Technischen Universität Clausthal, der Leibniz Universität Hannover und der Fraunhofer-Institute für Toxikologie und Experimentelle Medizin ITEM sowie für Schicht- und Oberflächentechnik IST. Das PVZ wird von einem fünfköpfigen Vorstand geleitet, der von einem interdisziplinären Lenkungsausschuss beraten wird. Dieser setzt sich aus 12 Mitgliedern zusammen, die die gesamte Bandbreite der Pharmaverfahrenstechnik abbilden. Der Lenkungsausschuss berät den Vorstand in Fragen der Forschungsprogrammatik und bei der Initiierung neuer Forschungsprojekte.
Die PVZ Geschäftsstelle komplettiert die Gesamtorganisation des PVZ. Ihr obliegt in Abstimmung mit dem Vorstand die Leitung der Geschäftsstelle, insbesondere die organisatorische Koordination des Forschungsprogramms, die Abstimmung mit Forschungspartnern und die Koordination des Technologietransfers.