In einem phylogenetischen Baum von Typ III Polyketid-Synthasen (PKS) zerfallen die Aminosäuren-Sequenzen aus Angiospermen in zwei Cluster. Die eine Gruppe umfasst Chalcon-Synthasen (CHS). CHS ist in höheren Pflanzen ubiquitär verbreitet. Die zweite Gruppe besteht aus Enzymen, die sich funktionell von CHS unterscheiden, wie z.B. Benzophenon-Synthase (BPS) und Biphenyl-Synthase (BIS).
Offensichtlich entspringen die beiden Cluster der Duplikation eines gemeinsamen Vorläufer-Gens vor der Spezies-Bildung der Angiospermen. Ein Gen nach dem Duplikationsereignis behielt die CHS-Funktion, die für Pflanzen unverzichtbar ist (UV-Schutz, Blütenpigmentierung etc.). Wegen der funktionellen Redundanz war das andere Gen nach dem Duplikationsereignis frei, um eine beachtliche funktionelle Diversifizierung während der Spezies-Bildung der Angiospermen zu durchlaufen. Unter dem Selektionsdruck der Umwelt erzeugten Aminosäuren-Austausche funktionelle Modifikationen, die in die Bildung neuer Abwehrstoffe gegen Herbivoren und Pathogene mündeten.
Unter den funktionell diversen PKS-Phänotypen befinden sich BPS und BIS, die im phylogenetischen Baum eng zusammen gruppieren. BPS und BIS stellen Zweige desselben höheren Astes dar, was darauf hinweist, dass diese beiden Benzoesäure-spezifischen Typ III PKS aus einer relativ kürzlichen funktionellen Diversifizierung eines gemeinsamen Vorläufer-Gens hervorgingen.
Ein phylogenetischer Baum von CoA-Ligasen besteht ebenfalls aus zwei großen evolutionär unterschiedlichen Gruppen. Die eine Gruppe setzt sich aus CoA-Ligasen des Benzenoid-Stoffwechsels einschließlich der Cinnamat:CoA-Ligase und Benzoat:CoA-Ligase zusammen, was auf ihre Ableitung von einem gemeinsamen Vorläufer-Gen hinweist. Die zweite Gruppe umfasst 4-Cumarat:CoA-Ligasen aus Angiospermen, Gymnospermen, Farnen und Moosen, die von einem anderen Vorläufer-Gen abstammen. Somit scheint eine Trennung der beiden großen Gruppen bereits vor der Diversifizierung der Abstammungslinien der höheren Pflanzen erfolgt zu sein.
